背景:eden是来自ucsc的一款从pdb文件获取电子密度图的插件,插件功能介绍可以访问他们官网。在帮客户编译eden时,我们发现eden的安装文档简单而且有错误,因此在此我们提供下正确的编译过程。
官网:http://scottlab.ucsc.edu/eden/index.html
使用:http://scottlab.ucsc.edu/eden/eden_quickstart.html
文档:http://scottlab.ucsc.edu/eden/EdenUserManual.pdf
环境:
centos7.9,python2.7(eden图形界面), fftw2,gsl
编译:
安装tkinter以支持python图形软件
sudo yum install python-tools -y
安装gsl
sudo yum install gsl-devel -y
安装位置:个人用户(此处举例lz用户)
cd ~ #回到lz的主目录
下载eden5.3
wget http://scottlab.ucsc.edu/eden/eden-5.3.tar.gz
解压eden并进入
tar -xvf eden-5.3.tar.gz cd eden
下载fftw-2.1.5,解压,进入fftw-2.1.5文件夹
wget http://www.fftw.org/fftw-2.1.5.tar.gz tar -xvf fftw-2.1.5.tar.gz cd fftw-2.1.5
编译fftw-2.1.5 (单精度、双精度)
##编译单精度./configure --prefix=/home/lz/eden/myfft --enable-float #enable-float表示支持单精度,此时编译的是单精度的fftw库make #编译make install #/home/lz/eden/myff路径中产生在库##编译双精度make clean ./configure --prefix=/home/lz/eden/myfft #fftw默认编译双精度版makemake install ##编译后,在/home/lz/eden/myfft/路径下将会生成include和lib文件夹
新建eden执行文件路径(bin文件夹)
mkdir -p /home/lz/eden/bin/deden #新建路径bin及bin/deden路径
修改eden的makefile文件
cd /home/lz/eden/source/
#打开Makefile文件并修改其中fftw的路径和最终eden执行文件的路径
vi Makefile
编译eden
cd /home/lz/eden/source/ make install
查看编译后eden执行文件
tree /home/lz/eden/bin
使用图形界面的eden
export EDENHOME=/home/lz/edenexport PATH=$EDENHOME/bin:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=$EDENHOME/myfft/lib:$LD_LIBRARY_PATHexport C_INCLUDE_PATH=$EDENHOME/myfft/include:$C_INCLUDE_PATHexport EDITOR='vim'ieden
使用命令行版的双精度eden
export EDENHOME=/home/lz/edenexport PATH=$EDENHOME/bin/deden:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=$EDENHOME/myfft/lib:$LD_LIBRARY_PATHexport C_INCLUDE_PATH=$EDENHOME/myfft/include:$C_INCLUDE_PATHeden